O Santos decidiu entrar na disputa da Copa Paulista, torneio promovido pela Federação Paulista no segundo semestre especialmente para os clubes que não tem calendário no Brasileiro das séries A a D. O Peixe disputou a competição pela última vez em 2018, com um time que tinha John como goleiro, Sabino na zaga e Wagner Leonardo no banco de reservas.O Peixe deve utilizar a equipe sub-23 na competição. Dirigido por Edinho, o Santos ocupa a quarta colocação do grupo B no Campeonato Brasileiro de Aspirantes.
A Copa Paulista 2021 terá 100% dos jogos transmitidos no Eleven e Paulistão Play. Os participantes serão divididos em quatro grupos regionalizados, sendo três com quatro clubes e um com cinco equipes. Após turno e returno, os dois mais bem colocados de cada chave avançam para o mata-mata. O início do torneio está previsto para o dia 14 de setembro e a final para 16 de novembro.
Por um grupo contar com um time a mais que os outros três, a classificação geral será definida por aproveitamento. O melhor colocado geral enfrenta o oitavo mais bem classificado, o segundo enfrenta o sétimo, o terceiro pega o sexto, enquanto o quarto e quinto duelam por uma vaga as semifinais. Em caso de igualdade a partir desta fase, a vaga será definida por pênaltis.Os quatro classificados fazem as semifinais e, posteriormente, os dois clubes que avançarem farão a final. O campeão tem a opção de escolher entre uma vaga da Copa do Brasil ou do Campeonato Brasileiro da Série D. O vice-campeão fica com a outra opção.
Confira os grupos da primeira fase da Copa Paulista:
Grupo 01:Botafogo F S/AAE Velo ClubeComercial FCCA Votuporanguense
Grupo 02:EC São BentoRio ClaroEC XV de PiracicabaEC Noroeste
Grupo 03:Santos FCSão Bernardo FCEC São BernardoEC Primavera
Grupo 04:AD São CaetanoSC AtibaiaEC TaubatéCA JuventusA Portuguesa Desportos
